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作为一个”将为人类医疗与健康带来前所未有的革命性变化“的科学技术领域 ，干细胞受到相应的质疑是必然的，也是健康的。所谓阴阳为之道 。如果缺乏前所未有的争议，没有经历前所未有的波折 ，那就当不起前所未有的革命 。
争议可以有多种表现方式，也可以有多个层面上的，也可以通过多种途径，可以概括为自身的反思与历史经验的借鉴两大相互关联的方面。
干细胞科学研究与应用本身的反思，可以包括几个方面。如科学研究上的自我反思：所谓干细胞的本质 ，reprogramming的生物学意义 ，众多干细胞”现象“的生物学本质及机制，及其未来可能的应用途径与模式等。iPS首当其冲也是自然的 ，因为它一马当先。关于iPS热的现象，一直存在客观冷静的质疑，虽然相比较趋之若鹜的热捧而言 ，往往显得很弱.
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